Réaliser soi même l'analyse ADN des structures fongiques.

[melano]

Bonjour,

On est nombreux à chercher à identifier à la bino les mycos de nos plants et de nos arbres. Le hic, c'est qu'en fonction du stade, de l'essence, de la propreté de la racine, il n'est pas évident du tout d'arriver à une identification fiable.

Certains ont même fait analyser des mycos douteuses qui se sont avérées être des mycos mélanos.

Actuellement, le maximum de fiabilité est assuré par l'analyse de l'ADN des structures fongiques. Je suis personnellement persuadé qu'il est possible pour un amateur éclairé de réaliser lui même ses propres tests.

L'objet de cette discussion va être de voir si c'est possible, avec quel matos et à quel prix.

Le cas le plus simple sera de partir d'un bout de truffe pour tester. Mais on peut aussi le faire avec une mycorhize ou un échantillon de sol à condition d'extraire et de purifier l'ADN.

S'il y en a parmi vous qui ont quelques connaissances scientifiques sur le sujet qu'ils n'hésitent pas à intervenir.

Merci.

Fred

[charlotte]

Bonjour Fred,
Il faudrait récupérer un appareil PCR (amplification d'ADN) qui ne sert plus dans les labos car ils sont dépassés mais qui fonctionnent bien, cette étape est réalisable. le résultat est identifiable par la taille de ce qui a été amplifié. Le plus cher ce sont les produits dont certains sont périssables et petits matériels. Par la suite il faut travailler sans contaminer un échantillon par un autre. Dès qu'on utilise une truffe on risque de "mettre partout" des molécules d'ADN de truffe et avoir des faux positifs.
Tout ça est possible mais pas évident "dans sa cuisine".
Charlotte

[melano]

Salut Charlotte,

Si tu as un plan pour un appareil PCR même basique, je suis preneur. C'est un élément essentiel du processus et neuf, c'est pas donné.

Après, pour faire les electrophoreses, rien de bien compliqué ni cher.

Les étapes les plus délicates semblant être l'extraction de l'ADN et l'amplification.

Fred

[rabase]

Comme dit Charlotte ce qui est très
cher c est l enzyme après il faut les amorces

[charlotte]

Pour un appareil PCR je pense que c'est faisable je vais enquêter la semaine prochaine. A mon avis il fait faire l'extraction d 'ADN sans purification, c'est suffisant son ADN est present et amplifiable. Par contre l'ADN ne se conservera pas très longtemps mais quelques semaines, sans pb (pour les échantillons animaux). Par contre le grand problème c'est la contamination d'un échantillon à l'autre. L'ADN est facilement trouvable dans les aérosols.
Charlotte

[charlotte]

Comme dit Charlotte ce qui est très
cher c est l enzyme après il faut les amorces

Les amorces sont décrites dans publications et ne sont pas chères. Mais l'enzyme......très cher
Charlotte

[melano]

De quelle enzyme parles-tu Charlotte? De celle qui permet de faire l'amplification PCR?

Fred

[charlotte]

Taq polymerase

[melano]

OK et les produits pour extraire l'ADN?

Fred

[J Gravier]

Bonjour à tous,

je ne sais pas dans quelle mesure une "contamination" n'est pas envisageable à partie de notre apport de truffe dans les godets.
Une spore qui traine sur une myco et ça la détecte..... un fragment de gléba encore plus petit et ça la détecte également.... jusqu'ou ?
Pour les pépis qui utilisent peu de matière première c'est peut être plus facile... mais nous on a tendance à mettre la dose.....
Mis à part ça ce n'est pas moi qui pourrait vous aider.....

joel

[charlotte]

La technique utilisée en laboratoire consiste à pulvériser le tissu à analyser (préalablement congelé à l'azote) puis le traiter avec une enzyme qui dégrade les protéines (protéinase K dissoute dans un mélange adéquat). Cette enzyme est ensuite dégradée par chauffage à 95°et les échantillons sont gardés au congélateur jusqu'à utilisation.
Voilà
Charlotte

[charlotte]

PS pour les tissus végétaux il faudra préalablement sûrement dégrader la cellulose.
Charlotte

[melano]

A priori, la truffe dans les mycorhizes ne rentrent pas dans les cellules végétales. Du coup, il ne me semble pas nécessaire de manger la cellulose. À moins qu'en plus de la chitine, la paroi des hyphes des ascomycetes contienne de la cellulose? Il faut vérifier.

Après, pour éviter la contamination par une spore du godet, il doit falloir bien laver la mycorhize.

Joël, sais-tu si Alcina sait doser le mycélium dans le sol ou s'ils ne savent que purifier les spores pour bosser dessus?

Fred

[rabase]

Ce sont eux qui ont mis au point l'extraction des spores

[melano]

C'est pour ça que je demande car le gars au colloque a parlé de spores et ce n'est pas du tout la même technique que de doser le mycélium dans le sol.

Fred